Prawdopodobnie w tym miejscu znajdował się drewniany lub murowany kościół, zanim rozpoczęła się budowa kościoła w 1342 r. W obecnym stanie prezbiterium kościoła jest zbudowane na planie prostokąta, przykryte sklepieniem gotyckim zrekonstruowanym w 2013 r. Opiera się ono na zachowanym ozdobnym, gierowanym gzymsie z ornamentem kostkowym (w tzw. „jaskółcze ogony”). Ściany zdobią pilastry przedzielone prostymi łukami wspartymi na węgarach.

Po uzyskaniu pozwolenia królewskiego w 1645 r. na budowę kaplicy Tyszkiewiczów została wyburzona ściana poza dawnym głównym ołtarzem. Na sklepieniu, bliżej głównego ołtarza, zachował się fragment XVI-wiecznego fresku. Po 1725 r. w posadzce prezbiterium umieszczono płytę nagrobną Zygmunta Rybińskiego.

Prezbiterium zamyka łuk tęczowy. Podłucze zostało wykonane w 1630 r. przez Jana Wolffa.